Tässä artikkelissa käsittelemme Windows 10 PC :n parhaan ilmaisen Molecular Modeling -ohjelmiston . ^{(Molecular Modeling software)}Näiden ilmaisohjelmien avulla voit luoda malleja erilaisista yksinkertaisista monimutkaisiin kemiallisiin yhdisteisiin. Tämä ohjelmistokokoelma on hyödyllinen bioinformatiikan, kemiantekniikan jne. opiskelijoille. Voit lisätä jaksollisesta taulukosta^{(Periodic Table)} erilaisia ​​elementtejä muodostamaan kemiallisen yhdisteen. Lisäksi näissä ohjelmistoissa voit myös tarkastella kemiallisia yhdisteitä eri tyyleinä, kuten metallilanka, pallo ja keppi, putket, pallo ja sylinteri^{(wireframe, ball and stick, pipes, ball and cylinder)} ja paljon muuta.

Molekyylimallinnusohjelmisto Windows ^(Modeling)10^{(Windows 10)} :lle

Jotkut näistä ohjelmistoista sisältävät myös erilaisia ​​kemiallisia ryhmiä ja rakenteita avuksesi. Valitse^(Simply) ne, ja kemiallinen mallisi on valmis. Esimerkkejä kemiallisista ryhmistä ovat  alkoholit, bentseeni, aldehydit, aminohapot^{(alcohols, benzene, aldehydes, amino acids)} jne. Tämän lisäksi voit tehdä myös kemiallisia laskelmia, kuten  energiaa, sidoksen pituutta^{(energy, bond length)} jne.

1. Avogadro
2. MoluCAD
3. ArgusLab
4. Ascalaph-suunnittelija

Katsotaanpa niitä.

1] Avogadro

 Avogadro  on erinomainen molekyylimallinnuksen ilmainen ohjelmisto, joka sisältää runsaasti ominaisuuksia. Sen käyttäjäystävällinen käyttöliittymä tekee siitä helppo ymmärtää käyttäjille. Kun ohjelmisto käynnistetään, näet mustan näytön ja paneelin vasemmalla puolella. Voit käyttää joitain yleisesti käytettyjä elementtejä vasemman paneelin " pudotusvalikosta ". ^{(drop-down menu)}Jos haluat käyttää kaikkia elementtejä, napsauta avattavasta valikosta " muu ", jolloin ohjelmisto käynnistää ^(other)jaksollisen taulukon^{(Periodic Table)} . Elementti, jonka valitset jaksollisesta taulukosta^{(Periodic Table)} , on käytettävissä avattavassa luettelossa.

Kemiallisen yhdisteen piirtäminen:

1. Valitse^(Select) elementti vasemman paneelin avattavasta valikosta ja lisää se napsauttamalla mustaa näyttöä.
2. Valitse nyt toinen elementti avattavasta valikosta.
3. Paina ja pidä hiiren vasenta painiketta painettuna ja vedä se ensimmäiseen elementtiin liittääksesi sen kemialliseen sidokseen. Voit myös valita kemiallisen sidoksen tyypin, yksi-, kaksois- tai kolmoissidos.

Ohjelmiston työkalupalkissa on erilaisia ​​painikkeita:

• Piirustustyökalu^{(Draw tool)} : Sen avulla voit piirtää erilaisia ​​molekyyliyhdisteitä.
• Navigointityökalu^{(Navigation tool)} : Sen avulla voit siirtää, pyörittää, lähentää ja loitontaa molekyylimallia.
• Sidoskeskeinen manipulointityökalu^{(Bond centric manipulation tool)} : Valitse tämä työkalu ja napsauta mitä tahansa sidosta nähdäksesi kulman.
• Automaattinen kiertotyökalu^{(Auto rotation tool)} : Valitse tämä työkalu ja napsauta Käynnistä^(Start) - painiketta. Pidä nyt hiiren vasenta painiketta painettuna ja vedä sitä mihin tahansa suuntaan. Vapauta vasen painike, niin molekyylimalli alkaa pyöriä automaattisesti.

Jos haluat muuttaa yhdisteiden sidoksen kokoa automaattisesti, siirry kohtaan " Extensions > Optimize Geometry " tai paina " Ctrl+Alt+O ". Laske energia siirtymällä kohtaan Extensions > Molecular Mechanics > Calculate Energy .

Tiedoston tallentaminen^{(Saving the File)} : Voit tallentaa projektisi useissa muodoissa, mukaan lukien  PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM . Tämän lisäksi käytettävissä on myös vientivaihtoehto, jonka avulla voit tallentaa projektisi  PDF-, SVG-, BMP-, JPG-, PNG- jne.

2] MoluCAD

MoluCAD  on toinen ilmainen molekyylimallinnuksen ilmainen ohjelmisto tässä luettelossa. Kuten Avogadro , siinä on myös paljon ominaisuuksia. Tässä ohjelmistossa voit tarkastella sekä 2D- että 3D-näkymiä vierekkäin. Jotkut yleisesti käytetyt elementit ovat saatavilla ohjelmiston vasemmassa paneelissa. Lisää se päätilaan napsauttamalla mitä tahansa elementtiä. Jos lisättävää elementtiä ei ole siellä, voit valita sen jaksollisesta taulukosta^{(Periodic Table)} . Nähdäksesi jaksollisen taulukon^{(Periodic Table)} , napsauta hiiren kakkospainikkeella mustaa tilaa ja napsauta " Lisää atomi^{(Add Atom)} " -painiketta.

Kemiallisen yhdisteen piirtäminen:

1. Lisää se napsauttamalla^(Click) mitä tahansa elementtiä vasemmassa paneelissa.
2. Napsauta^(Click) toista elementtiä lisätäksesi sen tai voit valita sen jaksollisesta taulukosta^{(Periodic Table)} .
3. Yhdistä elementit siirtymällä kohtaan " Add > Bonds – Connect Atoms " ja valitsemalla kemiallisen sidoksen tyyppi. Napsauta nyt ensimmäistä atomia ja napsauta sitten toista.

Alkuaineiden lisäksi voit lisätä myös yhdisteitä. Oikeasta paneelista löydät erilaisia  ​​molekyylejä, aminohappoja, funktionaalisia ryhmiä, yksinäisiä atomeja^{(molecules, amino acids, functional groups, lone pair atoms)} , jne. Valitse mikä tahansa rakenne ja vedä ja pudota se pääavaruuteen. Voit laskea molekyylien energian napsauttamalla " Energy > Evaluate Energy ".

" Kysely^(Query) "-valikon avulla voit laskea  kahden atomin välisen etäisyyden, sidoksen pituuden, sidoskulman, vääntökulman, massakeskipisteen^{(distance between two atoms, bond length, bond angle, torsion angle, the centre of mass)} jne. Voit tarkastella 3D-rakennetta neljässä eri näkymässä:  ylhäältä, edestä, sivulta ja vino^{(top, front, side, and oblique)} . Siirry kohtaan " View > Graphics Mode " nähdäksesi mallin eri muodoissa, kuten  pallo ja tikku, välilyönnit, putket^{(ball & stick, space fill, pipes)} ja paljon muuta.

Tiedoston tallentaminen^{(Saving the file)} : Voit tallentaa projektin MCD -muodossa. Jos käytät " Tiedosto "-valikon " ^(File)Vie^(Export) " -vaihtoehtoa , voit tallentaa projektisi  JPEG-  ja  Windows BITMAP  -muodoissa.

3] ArgusLab

ArgusLab  on toinen käyttäjäystävällinen molekyylimallinnusohjelmisto, jonka mukana tulee helposti ymmärrettäviä ominaisuuksia. Tämän ohjelmiston avulla voit luoda erilaisten kemiallisten yhdisteiden rakenteen. Ohjelmiston vasemmassa paneelissa on kolme välilehteä:

• Atomit^(Atoms) : Tämä välilehti sisältää jaksollisen^{(Periodic Table)} järjestelmän eri elementtejä . Kun napsautat jokaista atomia, ohjelmisto näyttää sen geometrian. Napsauta^(Click) " Jaksollinen^{(Periodic Table)} järjestelmä " - painiketta käynnistääksesi jaksollinen taulukko^{(Periodic Table)} .
• Sormukset^(Rings) : Täältä saat erilaisia ​​kemiallisia rengasrakenteita.
• Aminohapot^{(Amino Acids)} : Tämä välilehti näyttää erityyppisiä aminohappoja. Tässä välilehdessä on myös " Polypeptide Builder ".

Kemiallisen yhdisteen piirtämisen vaiheet:

1. Napsauta " Atom " -välilehteä vasemmassa paneelissa lisätäksesi elementin.
2. Valitse^(Select) mikä tahansa käytettävissä olevista elementeistä. Jos haluamaasi elementtiä ei löydy, voit valita sen jaksollisesta taulukosta^{(Periodic Table)} .
3. Napsauta^(Use) hiiren kakkospainikkeella elementtiä sille varattuun tilaan.
4. Valitse^(Select) toinen elementti. Valitse nyt viimeinen elementti hiiren vasemmalla painikkeella ja aseta toinen elementti hiiren kakkospainikkeella. Tämä yhdistää kaksi elementtiä ja muodostaa yhdisteen.
5. Jos haluat lisätä renkaita ja aminohappoja tilaan, noudata samoja vaiheita.

4] Ascalaph Designer

Ascalaph Designer  on yksi hyvä ilmainen molekyylimallinnusohjelma. Parasta ohjelmistossa on, että sinun ei tarvitse asentaa sitä tietokoneellesi. Sen mukana tulee suoritettava tiedosto. Ohjelmisto ladataan zip-muodossa. Purkamisen jälkeen löydät suoritettavan tiedoston " bin " -kansiosta.

Kemiallisen yhdisteen piirtäminen:

1. Paina “ Ctrl+N ” aloittaaksesi uuden projektin.
2. Jos haluat lisätä elementtejä, sinun on avattava jaksollinen taulukko^{(Periodic Table)} . Tätä varten siirry kohtaan " Build > Free Drawing ".
3. Valitse^(Select) mikä tahansa elementeistä ja aseta ne tilaan painamalla Ctrl+Shift näppäimiä.
4. Aseta toinen elementti yllä olevan vaiheen mukaisesti ja vedä se viimeiseen elementtiin yhdistääksesi ne kemiallisella sidoksella.

Voit tarkastella kaikkia yhdisteitä eri muodoissa, kuten  pallo ja keppi, metallirunko, CPK^{(ball and stick, wireframe, CPK)} jne., napsauttamalla oikeanpuoleisen paneelin painikkeita. Kun valitset minkä tahansa elementin jaksollisesta taulukosta^{(Periodic Table)} , se näyttää lisätietoja, kuten  elementin nimen, hybridisaation, kovalenttiset ja Van Der Waalsin vetovoimat^{(element name, hybridization, covalent, and Van Der Waals forces of attraction)} . Napsauta " Analysoi^(Analyze) " -valikkoa suorittaaksesi erilaisia ​​laskelmia, mukaan lukien  energia, lämpötila, paine, dipolimomentti^{(energy, temperature, pressure, dipole moment)} jne.

Tiedoston tallentaminen^{(Saving the file)} : Voit tallentaa projektisi vain sen omissa muodoissa, mukaan lukien  mim, hin, xmol ,  mmol, smol  jne. Tämä on tämän ilmaisohjelman haittapuoli.

Toivomme, että pidit tästä viestistä hyödyllisen koulusi ja korkeakouluprojekteihisi.

Best free Molecular Modeling software for Windows 10

In this article, we will cover the best free Molecular Modeling software for Windows 10 PC. Using these freeware, you can create models of various simple to complex chemical compounds. This software collection is helpful for the students of bioinformatics, chemical engineering, etc. You can add different elements from the Periodic Table to form a chemical compound. Moreover, in these software, you can also view a chemical compound in different styles, like wireframe, ball and stick, pipes, ball and cylinder, and more.

Molecular Modeling software for Windows 10

Some of these software also include different chemical groups and structures for your convenience. Simply select them, and your chemical model is ready. Examples of chemical groups include alcohols, benzene, aldehydes, amino acids, etc. Apart from that, you can also do chemical calculations like energy, bond length, etc.

1. Avogadro
2. MoluCAD
3. ArgusLab
4. Ascalaph Designer

Let us take a look at them.

1] Avogadro

 Avogadro is an excellent molecular modeling freeware that comes with plenty of features. Its user-friendly interface makes it easy to understand for the users. On launching the software, you will see a black screen and a panel on the left side. You can access some commonly used elements from the “drop-down menu” on the left panel. If you want to access all the elements, simply click on “other” in the drop-down menu, and the software will launch the Periodic Table. The element which you select from the Periodic Table will be available in the drop-down list.

Steps to draw a chemical compound:

1. Select an element from the drop-down menu on the left panel and click on the black screen to add it.
2. Now, select another element from the drop-down menu.
3. Press and hold the left click of the mouse and drag it to the first element to connect it with a chemical bond. You can also select the type of chemical bond, single, double, or triple.

There are different buttons on the toolbar of the software:

• Draw tool: It lets you draw different molecular compounds.
• Navigation tool: Using it, you can move, rotate, zoom in and zoom out the molecular model.
• Bond centric manipulation tool: Select this tool and click on any of the bonds to view the angle.
• Auto rotation tool: Select this tool and click on the “Start” button. Now, press and hold the left click of the mouse and drag it in any direction. Release the left click, and the molecular model will start rotating automatically.

If you want to resize the bond length of compounds automatically, go to “Extensions > Optimize Geometry” or press “Ctrl+Alt+O.” To calculate the energy, go to “Extensions > Molecular Mechanics > Calculate Energy.”

Saving the File: You can save your project in multiple formats, including PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM. Apart from this, an export option is also available, using which you can save your project in PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, etc.

2] MoluCAD

MoluCAD is another free molecular modeling freeware in this list. Like Avogadro, it also comes with a lot of features. In this software, you can view both 2D and 3D views adjacently. Some commonly used elements are available on the left panel of the software. To add it to the main space, simply click on any of the elements. If the element you want to add is not available there, you can select it from the Periodic Table. To view the Periodic Table, right-click on the black space and click on the “Add Atom” button.

Steps to draw a chemical compound:

1. Click on any of the elements on the left panel to add it.
2. Click on another element to add it, or you can select it from the Periodic Table.
3. To connect the elements, go to “Add > Bonds – Connect Atoms” and select the type of chemical bond. Now click on the first atom and then click on the second one.

Apart from elements, you can also add compounds. On the right panel, you will find different molecules, amino acids, functional groups, lone pair atoms, etc. Select any structure and drag and drop it to the main space. You can calculate the energy of the molecules by clicking on “Energy > Evaluate Energy.”

Using the “Query” menu, you can calculate the distance between two atoms, bond length, bond angle, torsion angle, the centre of mass, etc. You can view the 3D structure in four different views, top, front, side, and oblique. Go to “View > Graphics Mode” to view the model in different forms, like ball & stick, space fill, pipes, and more.

Saving the file: You can save the project in MCD format. If you use the “Export” option in the “File” menu, you can save your project in JPEG and Windows BITMAP formats.

3] ArgusLab

ArgusLab is another user-friendly molecular modeling software that comes with easy to understand features. Using this software, you can create the structure of different chemical compounds. On the left panel of the software, three tabs are available:

• Atoms: This tab contains different elements of the Periodic Table. On clicking each atom, the software displays its geometry. Click on the “Periodic Table” button to launch the Periodic Table.
• Rings: Here, you will get different types of chemical ring structures.
• Amino Acids: This tab shows different types of amino acids. In this tab, “Polypeptide Builder” is also available.

Steps to draw chemical compound:

1. Click on the “Atom” tab on the left panel to add an element.
2. Select any of the available elements. If your desired element is not there, you can select the same from the “Periodic Table.”
3. Use right-click to place the element on the space provided.
4. Select another element. Now, select the last element using the left-click and place the other element by using the right-click. This will join the two elements and form a compound.
5. To add rings and amino acids in the space, follow the same steps.

4] Ascalaph Designer

Ascalaph Designer is one more good molecular modeling freeware. The best part of the software is that you need not install it on your PC. It comes with an executable file. The software will be downloaded in zip format. After extracting it, you will find the executable file in the “bin” folder.

Steps to draw a chemical compound:

1. Press “Ctrl+N” to start a new project.
2. To add elements, you have to open the Periodic Table. For this, go to “Build > Free Drawing.”
3. Select any of the elements and place them in the space by pressing the “Ctrl+Shift” keys.
4. Place another element using the above step and drag it to the last element to connect them with a chemical bond.

You can view every compound in different forms like ball and stick, wireframe, CPK, etc., by clicking on the buttons on the right panel. When you select any element from the Periodic Table, it shows you additional information like element name, hybridization, covalent, and Van Der Waals forces of attraction. Click on the “Analyze” menu to perform different calculations, including energy, temperature, pressure, dipole moment, etc.

Saving the file: You can save your project only in its own formats, including mim, hin, xmol, mmol, smol, etc. This is the demerit of this freeware.

We hope you found this post useful for your school and college projects.

Related posts

• Paras ilmainen viivakoodinlukijaohjelmisto Windows 10:lle

• Paras ilmainen piirisimulaatioohjelmisto Windows 10:lle

• Paras ilmainen etätyöpöytäohjelmisto Windows 10:lle

• Paras ilmainen Drone Mapping -ohjelmisto Windows 10:lle

• Parhaat IP-kamerasovellukset Windows 10 -tietokoneille ja Android-puhelimille

• Katso digi-TV:tä ja kuuntele radiota Windows 10:ssä ProgDVB:n avulla

• Vähennä häiriötekijöitä Windows 10:ssä; Pimennä tietokoneen näytön osat!

• Balabolka: Kannettava ilmainen tekstistä puheeksi -muunnin Windows 10:lle

• Parhaat ilmaiset Garageband-vaihtoehdot Windows 10 -tietokoneelle

• Parhaat ilmaiset ISO-polttimet Windows 10:lle

• Win Update Stop: Poista Windows-päivitykset käytöstä Windows 10:ssä

• Järjestelmätietojen muokkaaminen tai muuttaminen Windows 10:ssä

• Paras ilmainen tekoälyohjelmisto Windows 10:lle

• Parhaat ilmaiset virheenseurantatyökalut Windows 10:lle

• Ashampoo WinOptimizer on ilmainen ohjelmisto Windows 10:n optimointiin

• Paras ilmainen sairaalanhallintaohjelmisto Windows 10:lle

• Paras ilmainen PCB-suunnitteluohjelmisto Windows 10:lle

• Parhaat työpöydän ajastinsovellukset Windows 10:lle

• Paras ilmainen DBF File Viewer -ohjelmisto Windows 10:lle

• Zoom Investment Portfolio Manager for Windows 10